延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。

故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。　　在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，　　小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!　　在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。

<p>　　自从艾力欧走后，友枝町又恢复了宁静。无法目睹到小樱（丹下樱 配音）收复卡片英姿的知世（岩男润子 配音）找来了DV，自己弄起了特摄剧。在看录像带的过程中，小樱看到了小狼（熊井素子 配音）的影像，不经红了脸。小狼回到香港已经四个月了，距离小狼告白也有四个月了。这期间小樱一直模拟着告白，希望下次再见到小狼时，当面告诉…

<p>　　降身于夜晚，引得警察手忙脚乱，背着翅膀，这不是怪盗基德，这是怪盗Dark（置鲇龙太郎 配音）。沉睡了40年的Dark在高中生丹羽大助（入野自由 配音）14岁生日当天借由大助暗恋的女生原田梨纱（浅野真澄 配音）的照片苏醒。这在丹羽家是世代守护的秘密。于是，平凡的大助有了二重身份，晚上是窃取艺术品的怪盗，白天是高中生，而Da…

<p>　　美丽可爱的月野兔（三石琴乃 配音）是一名正救读初中的女孩，她学业平平，任性娇弱，俨然是生活在大都会普普通通的女孩子们中的平凡一员。可是，在遇到了那只会说话的小猫露娜之后，月野的人生发生天翻地覆的变化。她不仅可以变身成为拥有神奇能力的水手月亮，还渐渐知晓了自己前世今生的秘密。为了保卫地球，挫败黑暗帝国的野心，…

<p>　　"　　魔界树篇<br/>　　自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩…

<p>　　小兔她们现在已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。首先被心魔…

<p>　　故事简介:<br/>　　有一晚，豆钉兔在梦中来到一个森林，在森林中的湖上，她见到纯白色、有角和翼的独角天马。日全蚀的那一天，一座神秘的马戏团从天而降。之后不久，一班专门袭击拥有美丽梦想的敌人出现了，他们是阿玛逊三重奏 -- 老虎眼、秃鹰眼、美鱼眼。敌人的目的是要找寻躲藏在某人美丽梦想之内的独角天马。因为圣杯在…

<p>　　黑暗女王复活篇<br/>　　阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危…

　　故事主要回忆太阳系内部战士以及Sailor Moon的觉醒背景。