突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战…

山田今日（坂本真绫 配音）和山田明日（金田朋子 配音）是一对感情十分要好的姐妹，虽然母亲早逝，可在父亲的关爱下，姐妹两人的生活尚且可以说是无忧无虑。可是，自从父亲背负了大笔债务人间蒸发后，美好的生活结束了，山田家陷入了水深火热之中。　　为了维持生计，今日干起了派送报纸的兼职，同时，勤劳懂事的明日小小年纪就担负起了家里的家…

人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的…

有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。　　那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具…