自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎（桐山漣 饰）和飞利浦（菅田将暉 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩 饰）则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机…

从未出现过的敌人开始出现在风都，而鸣海亚树子不知为何带走了照井龙的Accel驱动器以及Accel记忆体。在左翔太郎和菲利普的帮助下，照井龙开始探寻自己的过去，而在此期间他们与早已死去的鸣海庄吉产生了交集；另一边，鸿上基金会找到日本战国时期名将织田信长的坟墓，他们开始利用这难得的机会去实现他们图谋已久的目标，而无欲无求的青年、假面…