星元122年――　　在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代，　　有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。　　她名为苏莱塔·墨丘利。　　内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。　　拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。　　“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。　　在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！

在已被彻底探索殆尽的世界里，名为“深渊”的大洞是硕果仅存的秘境。　　这个深不见底、不知会延伸到何处的巨大垂直洞穴中，不仅栖息着各种稀奇古怪的生物，还沉睡着现今人类所做不出来的珍贵遗物。　　“深渊”那处处充满不可思议的神秘样貌，吸引人们前仆后继地前去冒险。渐渐地，大家开始将那些多次挑战大洞的冒险者们称为“探窟家”。　　孤…